Para estructurar el conjunto de Universidades y tener una comunicación mas fluida y eficiente, se decidió agruparlas en zonas con un número de universidades similar en cada zona. Así pues, distinguimos 5 zonas, donde se encuentran:
Esta zona comprende las regiones de Andalucía, Castilla la Mancha y Región de Murcia.
Actualmente está formada por las siguientes universidades: Universidad Católica San Antonio de Murcia (UCAM), Universidad de Almería (UAL), Universidad de Cádiz (UCA), Universidad de Castilla-La Mancha (UCLM), Universidad de Córdoba (UCO), Universidad de Granada (UGR), Universidad de Huelva (UHU), Universidad de Jaén (UJA), Universidad de Málaga (UMA), Universidad de Murcia (UM), Universidad Politécnica de Cartagena (UPCT), Universidad de Sevilla (US), Universidad Pablo de Olavide (UPO).
Esta zona comprende la Comunidad de Madrid.
Actualmente está formada por las siguientes universidades: Universidad Autónoma de Madrid (UAM), Universidad Carlos III de Madrid (UC3M), Universidad CEU San Pablo (USP CEU), Universidad Complutense de Madrid (UCM), Universidad de Alcalá de Henares (UAH), Universidad Politécnica de Madrid (UPM), Universidad Rey Juan Carlos (URJC), Universidad Camilo José Cela (UCJC).
Esta zona comprende las Universidades de las regiones de Asturias, Cantabria, Galicia, La Rioja, Comunidad Foral de Navarra y el País Vasco.
Actualmente está formada por las siguientes universidades: Universidad Pública de Navarra / Nafarroako Unibertsitate Publikoa (UPNa / NUP), Universidad de Vigo (UVigo), Universidad de Oviedo (UO), Universidade da Coruña (UDC), Universidad de Santiago de Compostela (USC), Universidad de la Rioja (UR), Universidad Internacional de la Rioja (UNIR), Universidad de Cantabria (UC), Universidad Europea del Atlántico (Uneatlántico), Universidad del País Vasco / Euskal Herriko Unibertsitatea (UPV / EHU), Universidad de Deusto (UDeusto), Mondragon Unibertsitatea (MU).
Esta zona comprende las regiones de Aragón, Castilla León, Extremadura e Islas Canarias.
Actualmente está formada por las siguientes universidades: Universidad Pontificia de Salamanca (UPSA), Universidad de Burgos (UBU), Universidad de León (ULE), Universidad de Salamanca (USAL), Universidad de Extremadura (UEX), Universidad de las Palmas de Gran Canaria (ULPGC).
Esta zona comprende las regiones de Cataluña, Comunidad Valenciana e Islas Baleares.
Actualmente está formada por las siguientes universidades: Universidad Miguel Hernandez (UMH), Universidad de Alicante (UA), Universidad Politécnica de Valencia (UPV), Universidad Jaume I (UJI), Universidad Autónoma de Barcelona (UAB), Universidad de Lleida (UdL), Universidad de las Islas Baleares (UIB).